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L'abbaye est dévastée par les Normands à la fin du IXe siècle. En 867, l'implication dans la vie politique et le prestige des abbés est tel que Charles II le Chauve s'approprie le titre d'abbé de Saint-Denis. En 869, Charles II le Chauve devant la menace des invasions des Vikings fortifie le monastère. Seuls quelques colonnes et des chapiteaux de marbre, aujourd'hui dans la crypte de l'abside ou dans les magasins de l'église, subsistent des constructions de Dagobert et de Charlemagne.
Sources : fr.wikipedia.org
==== XIe siècle ==== Robert II le Pieux, qui prenait part aux offices des religieux, a certainement tenté de restaurer l'église en ruine. L'architecture de la partie centrale de la crypte avec des arcs en plein-cintre, des colonnes courtes, des chapiteaux à personnages datent de la première moitié du XIe siècle.
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==== XIIe siècle ==== Dans la première moitié du XIIe siècle, entre 1135 environ et 1144, l'abbé Suger, conseiller des rois Louis VI et Louis VII et abbé de Saint-Denis de 1122 à 1151, souhaite rénover la vieille église carolingienne afin de mettre en valeur les reliques de saint Denis dans un nouveau chœur et accueillir les pèlerins de plus en plus nombreux à venir aux tombeaux des martyrs. Il décide de la reconstruction de l'église avec une élévation importante et des baies qui laissent pénétrer la lumière. Il s'inspire entre autres du prieuré voisin de Saint-Martin-des-Champs à Paris. En 1135, il fait édifier un nouveau massif occidental, en s'inspirant de la façade harmonique, de style normand de l'âge roman comme celle de l'abbatiale Saint-Étienne de Caen. Il agrandit l'abbatiale en remaniant le narthex d'une façade dotée pour la première fois d'une rose et de trois portails de grandes dimensions. Dédicacée le 9 juin 1140, cette façade est flanquée de deux tours réunies par un parapet crénelé évoquant la Jérusalem céleste. Il modifie aussi le chœur en lui ajoutant des chapelles rayonnantes. Reprenant le principe du déambulatoire à chapelles rayonnantes mais en le doublant, Suger innove en prenant le parti de juxtaposer les chapelles autrefois isolées en les séparant par un simple contrefort. Chacune des chapelles comporte de vastes baies jumelles munies de vitraux filtrant la lumière. La voûte adopte la technique de la croisée d'ogives qui permet de mieux répartir les forces vers les piliers.
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Toujours par les soins de Suger, qui surveille lui-même l'extraction des pierres, le choix des bois de charpente et la confection des vitraux, l'autel reçoit une décoration en laques d'or historiées ; le chœur et le trésor se meublent de châsses, de croix et d'objets précieux. Il compose en distiques latins les inscriptions à graver sur le métal ou à tracer autour des compartiments des verrières. Une double dédicace a lieu en 1140 et en 1144 ; le chevet est consacré le 11 juin 1144. L'église inaugure le francigenum opus, appelé plus tard l'art gothique. L'abbaye bénédictine de Saint-Denis devient dès lors un établissement prestigieux et riche. Dans la deuxième moitié du siècle, des tours sont ajoutées sur la façade ; la tour sud existe jusqu'à aujourd'hui. C'est à partir du règne de Louis VI le Gros que les rois de France se rendent à l'église pour lever l'oriflamme de Saint-Denis avant de partir en guerre ou en croisade.
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